El marco jurídico de la educación superior en Colombia encuentra su pilar en el artículo 69 de la Constitución Política, la cual garantiza la autonomía universitaria y faculta al legislador para establecer un régimen especial para las universidades del Estado. En desarrollo de este mandato se expidió la Ley 30 de 1992, que en su artículo 57 consagró que los entes universitarios autónomos disponen de personería jurídica, patrimonio independiente y autonomía académica, administrativa y financiera.
Específicamente en materia contractual, el artículo 93 de la Ley 30 de 1992 estableció que, salvo las excepciones allí previstas, los contratos que celebren las universidades estatales u oficiales para el cumplimiento de sus funciones se rigen por las normas del derecho privado y por las reglas de sus propios estatutos o manuales internos de contratación.
Bajo esta premisa, durante décadas las IES han operado con esquemas negociales flexibles, permitiéndoles agilizar procesos y asociarse con entidades públicas mediante regímenes exceptuados del derecho administrativo tradicional. En algunos casos eso ha derivado en la polémica y cuestionable práctica de los “contrataderos”, o empresas de papel en muchos casos con las que se evitan los engorrosos trámites de licitaciones públicas y pueden contratar directamente.
Sin embargo, el choque normativo se originó cuando las universidades comenzaron a ser designadas como ejecutoras de proyectos de inversión financiados con recursos de regalías.
Ante la pregunta de si debían regirse por su manual interno privado o por las normas de la contratación pública, surgieron interpretaciones encontradas entre el Departamento Nacional de Planeación (DNP) —que avalaba la aplicación de los regímenes especiales de las entidades— y la Agencia Nacional de Contratación Pública (Colombia Compra Eficiente), que defendía la sujeción estricta al Estatuto General de Contratación.
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Las consultas y los conceptos clave del Consejo de Estado
Para dirimir este pulso institucional, el Ministerio del Interior y el propio DNP elevaron consultas formales a la Sala de Consulta y Servicio Civil del Consejo de Estado. Los casos derivaron en dos decisiones de gran calado jurídico:
Concepto 2563 (25 de junio de 2026): Originado tras la solicitud del Ministerio del Interior a raíz de las dudas planteadas por la Universidad Internacional del Trópico Americano (UNITRÓPICO), en el cual se analizó si un ente universitario podía contratar bajo los lineamientos de su manual privado de contratación cuando ejecutaba recursos de regalías que beneficiaban directamente a la institución o a otra entidad estatal.
Concepto 2565 (23 de julio de 2026): Una consulta general elevada por la dirección del DNP para definir de manera unificada el alcance del parágrafo primero del artículo 37 de la Ley 2056 de 2020 (norma mediante la cual se regula la organización y el funcionamiento del Sistema General de Regalías) frente a todas las entidades públicas con regímenes especiales o exceptuados, y que habla de cómo “la ejecución de proyectos se adelantará, con estricta sujeción al régimen presupuestal definido en esta ley, al de contratación pública y las demás normas legales vigentes”.
Frente a ambos pronunciamientos, el Consejo de Estado fue enfático: el parágrafo 1 del artículo 37 de la Ley 2056 de 2020 establece una directriz imperativa e ineludible al señalar que la ejecución de los proyectos de inversión con cargo al SGR se adelantará con “estricta sujeción al régimen presupuestal definido en esta ley, al de contratación pública y las demás normas legales vigentes”
Los fallos de la Sala determinaron que:
La Ley 2056 de 2020 es una norma posterior y especial en materia de regalías que prevalece sobre el régimen general de la Ley 30 de 1992 cuando se trata de administrar esta fuente específica de recursos públicos de origen constitucional.
La designación como ejecutor de regalías es un acto administrativo unilateral de asignación de responsabilidades y no una habilitación para desplegar la autonomía negocial ordinaria.
Por tanto, las universidades públicas están obligadas a aplicar el Estatuto General de Contratación de la Administración Pública (EGCAP) —Ley 80 de 1993, Ley 1150 de 2007 y Decreto 1082 de 2015—, implementando licitaciones públicas y procesos competitivos abiertos, con la única excepción de los proyectos correspondientes a la Asignación para la Ciencia, Tecnología e Innovación regulados por el artículo 54 de la ley (los cuales se rigen por la Ley 1286 de 2009).
Estos proyectos de ciencia y tecnología comprenden iniciativas enfocadas en investigación científica, innovación y desarrollo tecnológico, formación de capital humano de alto nivel (como maestrías y doctorados), transferencia de conocimiento y fortalecimiento de capacidades científicas, tecnológicas y de innovación en los territorios y regiones.
A diferencia de los proyectos comunes de infraestructura (como vías, polideportivos u obras civiles), que obligatoriamente deben someterse al Estatuto General de Contratación de la Administración Pública (EGCAP) cuando son ejecutados por una universidad, los proyectos de CTeI se seleccionan mediante convocatorias públicas, abiertas y competitivas lideradas por el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación, y su ejecución se rige por las normas especiales previstas en la Ley 1286 de 2009 y los decretos de contratación especial para actividades científicas y tecnológicas (como los Decretos 393 y 591 de 1991).
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Antecedentes y advertencias de los órganos de control
El debate no es menor y cuenta con un historial de tensiones en el sector fiscal y educativo. Recientemente, tanto la Contraloría General de la República como la Procuraduría General de la Nación emitieron directrices (como la Circular Conjunta N.° 01 de febrero de 2026 y la Circular N.° 001 de marzo de 2026) advirtiendo sobre los riesgos de utilizar manuales de contratación flexibles o “fondos mixtos” para desviar los controles en la ejecución de las regalías. Los organismos de control señalaron que la naturaleza pública de los recursos exige estándares máximos de publicidad, concurrencia y transparencia que no se garantizan bajo el derecho privado.
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El camino a seguir y los riesgos de incumplimiento
De aquí en adelante, las universidades públicas del país enfrentan un nuevo panorama operativo y jurídico que exige:
Modificación de manuales internos: Las instituciones deben ajustar sus estatutos y manuales de contratación para excluir cualquier disposición que pretenda aplicar reglas de derecho privado a la ejecución de recursos de regalías.
Uso obligatorio del SECOP y Documentos Tipo: En los procesos contractuales derivados del SGR, las universidades deberán emplear las plataformas transaccionales oficiales, acatar las modalidades de selección objetiva y utilizar los documentos tipo obligatorios para contratos de obra e interventoría.
Desatender esta doctrina unificada del Consejo de Estado y continuar contratando bajo la comodidad de los manuales privados ya no es una opción viable. Los rectores y ordenadores del gasto universitario que ignoren esta directriz se exponen a investigaciones disciplinarias por parte de la Procuraduría, a procesos de responsabilidad fiscal en la Contraloría y a demandas de nulidad sobre sus contratos, poniendo en entredicho no solo la legalidad de los recursos de la región, sino el patrimonio y la estabilidad jurídica de las propias instituciones de educación superior.
